Sección: SXVI (1)

Series:

• Protocolo Ambulante de los Conquistadores (PAC1): Protocolo 0
• Cristóbal de Aguilar Mendieta (CAM1): Protocolos del 1 al 7
• Diego Álvarez Francisco Adrada y otros (AYO1): Protocolo 8
• Simón Alzate (SAL1): Protocolo 9
• Pedro Arias Cortés y Blas Hernández (AYH1): Protocolos 10 y 11
• Juan Bello (JBE1): Protocolo 12
• Francisco Ramiro Bote (FRB1): Protocolos del 14 al 16
• Julián Bravo (JBR1): Protocolo 17
• Pedro de Castañeda (PCA1): Protocolo 18
• Rodrigo Alonso Castillejo (RAC1): Protocolo 22
• Diego de Córdova Maqueda (DCM1): Protocolo 23
• Diego Martín Cornejo y Cristóbal de Bustamante (CYB1): Protocolo 24
• Antonio Corvalán (ACO1): Protocolo 25
• Félix Cotan (FCO1): Protocolo 26
• Alonso de la Cueva y Blas Hernández (CYH1): Protocolo 28 y 29
• Juan de Espinares (JES1): Protocolo 30
• Pedro de Entrena (PEN1): Protocolo 32
• Bartolomé Gascón (BGA1): Protocolo 42.1
• Fernan Gómez de Morales (FGO1): Protocolo 58

Sección: Real Acuerdo (RE)

Serie:

• Resolutivos (RE1): Legajos del 1 al 21

Sección: Gobierno (BI)

Series:

• Político – Administrativo (BI1): Legajos del 22 al 57
• Militar (BI3): Legajos del 117 al 120